A hasnyálmirigy műtét a szerv gyulladása után válhat szükségessé, különösen ha a gyulladás alatt a mirigy felülfertőződik, vagy szövődmény alakul ki. Ezen esetekben a műtéti beavatkozásra a betegség kialakulásától számított 3-4 hét után kerül sor.
Amennyiben a gyulladás után álciszták (pszeudóciszták – olyan ciszták, amelyeknek nincs saját hámbélésük, és a mirigyes végkamrák csatornái falának túlzott áteresztő képessége miatt alakulnak ki) jelennek meg, amelyek elzárják a mirigy vezetékrendszerét vagy befertőződnek, a hasnyálmirigy műtét indokolttá válik. Ilyenkor eltávolítják a cisztákat tartalmukkal együtt. A ciszták enzimeket és elhalt szöveteket tartalmaznak.
Napjainkban kevesebb hasüreg feltárásos hasnyálmirigy műtétet végeznek, mint régebben, a modern képalkotó vizsgálati módszereknek köszönhetően. A computer tomográfos (CT), mágneses rezonanciás (MR) és endoszkópos vizsgálatok jelentősen megkönnyítik a diagnózis felállítását, és növelik a kezelés hatékonyságát.
A betegek a hasnyálmirigy műtét után optimális esetben 4-10 napot töltenek kórházban. A kórházi kezelés után az addig intravénásan adott fájdalomcsillapítókat felváltják a szájon át szedhetők, mivel műtét után akár hetekig is fájdalom jelentkezhet a beavatkozás helyén. A páciens a tápanyagokat is intravénásan kapja műtét előtt és utána is néhány napig, és nem hagyhatja el a kórházat addig, amíg helyre nem áll a bélműködése. A hasnyálmirigy kímélése érdekében kötelező alkoholtilalom és szigorú diéta vár a betegre, ugyanakkor emésztőenzimeket tartalmazó gyógyszerek szedése is ajánlott.